歷年來，醫學工程相關的研究計畫，都在工程處大電機學門（即醫工、控制及電力聯合領域）申請。為了能有系統地結合國內各相關研究學者、專家，從事規畫、舉辦相關學術活動及推動研究專案，醫學工程領域自1998年起開始獨立成一新學門，是工程處最年輕的學門。
生物醫學工程科技對於醫療產業之升級和病人診療均有相當密切的關聯，我國不僅早在六年國建計劃中明定生醫科技為國家十大新興產業與八大關鍵性技術，它更是行政院「兩兆雙星」重點計畫的核心之一，也是各界共同期待的二十一世紀之明星產業。
因此，國內醫學工程學門領域的相關研究在近幾年來成為深受學界與政府重視且成長快速的重點研究。國科會輔助之醫工研究計畫數在2011年多達267件，補助經費約達1億9千6百多萬元，而在2012年核定的計畫數多達288件，補助經費則高達2億3千8百多萬元。這些數字足以證明國科會對於醫學工程領域充 分地重視與推廣。
為了增加學門之研究的品質與數量，本學門除了繼續推動各項大型重點研究計畫之規劃、加強學門內外的聯繫交流與協調、鼓勵與支持學門同仁之各項研究工作，並建立產學溝通與合作之橋樑，期盼能與國內產業界有更密切的互動，以期能協助持續提昇醫療器材產業之水準。
此外，本年度亦已進行學門之研究主題規劃 (請參考本網站「最新專案訊息」內容)，盼能依據國際上生物醫學工程研究快速變化成長之趨勢，調整學門之研究方向，以協助同仁提昇研究成效，並同時幫助產業與醫界，獲得更多更先進之產業研發與醫療照護技術。
醫工學門過去重要成就統計(學術/實際應用)*
1. SCI期刊論文
2008年共有340位申請計畫者，
2009年則有372位申請計畫者，
2010年則有382位申請計畫者。
2010 SCI論文Impact Factor總計1965.083
1965.083 / 804* 篇SCI論文= 2.444 / 篇
*註: 36位未提供76篇SCI論文IF
2. 專利
2008年50位提供專利件數，
2009年51位提供專利件數，
2010年67位提供專利件數。
3. 技術移轉
2008年14位提供技術移轉金額，
2009年22位提供技術移轉金額，
2010年31位提供技術移轉金額。
4. 計畫申請數目
2021年404件，
2020年373件，
2019年395件。